Contemporain des Gazéens, il a un esprit de savant plutôt que de philosophe. Élève d’Ammonios Hermiae, païen devenu chrétien, Philopon offre un intérêt tout particulier pour la compréhension de cette époque. Et tout d’abord sa conversion n’est-elle pas due au fait que la sagesse païenne ne parvient plus à satisfaire ni son esprit, ni son âme ? Dégoûté de ce paganisme plein de magie et de divination, que représente Proclos et Jamblique, il cherche, paraît-il, dans le christianisme le repos de son âme et de son esprit. S’il en est ainsi, la conversion de ce savant montre que le christianisme offrait à cette époque un sol plus solide pour la spéculation et la recherche scientifique. Et ce sol n’est autre que les assises métaphysiques du christianisme, qui ordonnaient un univers tel qu’il répondait mieux aux exigences de la rationalisation. C’est ce qui fait que le savant Philopon se sent plus à l’aise au dedans du christianisme et prend soin, à maintes reprises, de nous le faire voir dans son « De opificio mundi », où l’on trouve sur la création du monde et sur l’ordre suivi par Dieu dans l’ornementation et la parure de l’univers maintes idées, qu’on expose aujourd’hui comme neuves. C’est que Philopon se sent libre de chercher au dedans du monde sensible la relation rationnelle.
Avant sa conversion il composa des commentaires à Aristote, notamment aux Catégories, aux Analytiques, à la Physique, au De la Génération et de la corruption, au traité Sur l’Ame. Ces commentaires en même temps qu’ils font voir les fruits du travail de l’école d’Alexandrie à cette époque, école qui conserve dans son néoplatonisme le goût de la logique, l’esprit scientifique, en un mot les traits les plus caractéristiques de la tradition aristotélicienne, font de Philopon un des ouvriers les plus considérables de la fusion de la pensée grecque dans le christianisme.
A la suite des Gazéens et d’autres, Philopon reprend à son tour le sujet très en vogue dans les disputes entre chrétiens et païens, celui de l’éternité ou de la création du monde. Il y consacra ses deux grands ouvrages théologiques et philosophiques : le « De aeternitate mundi » et le « De opificio mundi ». Le premier ouvrage contient le côté négatif de la question, le déblaiement du sol, le second contient le côté positif, la construction. Le premier ouvrage est dirigé contre Proclos qui, ayant présenté la thèse païenne de l’éternité du monde sous une forme nouvelle, avait rendu nécessaires les réponses chrétiennes. Ce qui fait la valeur de son ouvrage c’est que Philopon ne discute pas en théologien. La discussion est naturellement régie au fond par la croyance à la Genèse, mais Philopon discute en savant physicien, il suit la problématique traditionnelle de la pensée grecque, et puise, sans scrupules, chez les savants et les philosophes grecs. Il voit d’ailleurs en Platon, comme Clément d’Alexandrie, un disciple de Moïse ! Platon, dit-il, doit son savoir aux Saintes Écritures ; il a des idées justes sur Dieu, seulement la tradition et l’habitude, peut-être aussi la crainte de subir le sort de Socrate font qu’il tombe dans l’erreur. Platon n’est pas seul à imiter Moïse. Plusieurs doctrines pour la solution des problèmes de physique ou d’astronomie, ont leur source en Moïse. Hipparque et Ptolémée ont comme Platon, puisé chez Moïse ! On pouvait par ce subterfuge faire remonter à Moïse toute connaissance scientifique et après se permettre de s’en servir librement. C’est ce qui arrive, au fait, dans le deuxième ouvrage de Philopon.
Philopon pose le principe optimiste qu’il ne pouvait y avoir ni plus de choses ni de meilleures choses dans le monde ; quant à l’éternité du monde il reprend tous les arguments de ses devanciers et en ajoute d’autres. Si le monde est éternel, dit-il, il arriverait que nous aurions l’infini en acte et dénombrable ; c’est ce qui est impossible ; l’éternité donc du monde est absurde. Philopon ne peut non plus admettre comme le fait Proclos, que toute forme d’énergie, notamment la création puisse être considérée comme mouvement. La création se fait par la simple Volonté de Dieu et cette volonté se manifeste sans qu’elle ait besoin de temps ou de dimension. A la création, ainsi conçue, seule l’énergie spirituelle ressemble, elle aussi intemporelle. L’énergie spirituelle n’est pas non plus un mouvement. Quant à la créature elle ne vient nullement compléter le créateur. Le monde n’est pas avec Dieu dans le même rapport que la lumière est avec le soleil. Le divin est autarkes ; il se suffit à lui-même. La créature est entièrement en dehors de la substance divine, étrangère à toute relation substantielle avec elle. Dieu est parfait quand même aucune créature n’existerait pas ; chez Dieu la puissance est identique à l’acte.
La création a lieu dans le temps ; le temps lui-même a un commencement. Il ne s’ensuit pas que tout ce qui se fait dans le temps a, par là, l’être dans un perpétuel devenir. Le triangle prend son commencement dans une âme donnée, supposons celle de Platon, il ne change pas à cause de cela. Il reste que dès l’éternité un triangle et ses trois angles seront toujours la somme des deux angles droits. Il n’est donc pas vrai que tout ce qui commence dans le temps se trouve par là même assujetti à un perpétuel devenir et changement. Non plus que tout ce qui se fait a besoin de matière pour être fait, ou qu’il faut nécessairement qu’il soit fait d’un être, car il peut être créé de rien, ex nihilo. Il est également faux qu’il existe de la matière sans forme. Une autre idée fondamentale d’Aristote est encore réfutée. Les âmes, dit Philopon, n’ont pas l’être et la substance en tant qu’elles sont un principe de mouvement. Le soleil sans le vouloir, de par sa nature, illumine, dès qu’il apparaît, et réchauffe. Il faut penser de la même manière que là où apparaît l’âme raisonnable, elle provoque, de par son être, sans le vouloir, de la vie et du mouvement. Le mouvement ne constitue donc pas la substance de l’âme. Ainsi Philopon réussit à échapper à la psychophysique d’Aristote et reste fidèle au dualisme chrétien.
Après la réfutation de la thèse de Proclos, si savamment menée, on s’attend à une construction également scientifique. Au lieu de cela, et c’est ici que le théologien intervient brusquement, le De opificio mundi nous conduit à la solution de la Bible. Mais comme il veut nous servir de guide, pour bien comprendre le texte de l’Hexameron, il en fait un commentaire ; il a ainsi l’occasion de parler abondamment de la création et de mettre, comme nous l’avons dit plus haut, la science grecque, dans la bouche de Moïse. Dans son commentaire Philopon suit l’analyse de saint Basile, et, à vrai dire, il n’ajoute rien de nouveau au point de vue théologique. Il y a pourtant une différence nette et remarquable entre ces deux commentaires. Saint Basile parle en homme inspiré ; Philopon le savant physicien s’efforce de faire correspondre les phénomènes aux paroles de la Genèse. C’est à une accommodation à la manière stoïcienne que nous avons affaire, où Philopon veut expliquer par la lumière de la science ce qui est connu dans la Bible par la lumière de la révélation. Le prestige que Moïse exerce sur Philopon est tel, qu’il lui arrive d’avancer comme argument suprême pour le rejet de la thèse païenne, que les corps célestes sont animés, la pensée suivante : « Avant tout, dit-il, ils ne sont pas animés, car Moïse n’en dit mot. » Malgré cela son attitude dans les problèmes discutés ne laisse pas d’être, en général, une attitude philosophique. Revenant au problème de l’âme, il se sert cette fois des arguments aristotéliciens pour poser que l’âme est incorporelle, puisqu’il n’y a rien entre l’incorporel et le corporel et que nul corps ne peut pénétrer dans un autre corps. Ce qu’on peut déduire de la Genèse, ajoute-t-il, c’est que seul le corps humain est fait de terre, et non l’âme. Celle-ci, d’une autre nature, s’introduit dans le corps humain du dehors, après la formation du corps. Dieu adressa à l’homme après sa création une bénédiction ; il est évident par là que l’entrée de l’âme dans le corps n’est pas une déchéance, comme le veut Platon. Son optimisme sera plus manifeste encore dans la suite. Seules les âmes des êtres non raisonnables disparaissent en même temps que leur corps, puisqu’elles n’ont aucune activité séparée du corps, tout leur mouvement se rapportant exclusivement au corps. L’âme humaine, au contraire, une fois séparée du corps mène sa propre vie.
En approfondissant la notion de Dieu il fait preuve d’une spiritualité remarquable. Quand nous disons, dit-il, de Dieu, qu’il est incirconscriptible et infini, il faut donner à ces termes un sens spécial ; ne pas y voir des attributs de lieu et de quantité. Partant de là Philopon fait une critique sévère des idées que Théodore de Mopsueste, Théodoret de Cyre et leurs disciples avaient exposées au sujet de Dieu et des anges. Ces écrivains, faute de faire attention au contenu des termes employés, dupes des expressions anthropomorphiques qu’on trouve dans les Écritures et dans les Hymnes, expressément mises pour le vulgaire, les prenant à la lettre finissent par se faire, sans s’en apercevoir, une idée toute matérielle des anges, parfois de Dieu lui-même. Les anges sont des substances incorporelles, hors de toute dimension ; dès lors ils ne sont pas circonscriptibles, mais ils ne sont pas non plus incirconscriptibles — ceci est un attribut de Dieu seul — ; ils n’ont aucune place ni en dehors, ni au dedans de l’univers. La pensée que seule l’intelligence voit, seule entend, prend son sens plein seulement au sujet des anges, Ce n’est que par l’intelligence pure que l’homme aussi pourrait saisir les intelligibles ainsi que Dieu. Ces conceptions mettent dans cet ouvrage une atmosphère de purification et de spiritualisation.
Les réflexions morales de Philopon ne sont pas moins intéressantes. Les Manichéens faisaient de l’obscurité une substance rivale et ennemie de Dieu. Philopon, suivant Aristote, pose que l’obscurité n’est que la privation de son contraire, voire de la lumière. Elle n’est ni substance, ni qualité, mais simplement une privation. Une condamnation aussi dure est réservée aux astrologues. L’astrologie, dit Philopon, abolit les lois, la justice, les admonitions et les réprimandes, les louanges, les blâmes et les punitions ; en un mot tout ce qui découle de la croyance au libre arbitre. Le christianisme demande aux fidèles de rejeter l’astrologie, qui éloigne de Dieu ; le rejet de l’astrologie, est la plus grande preuve de la piété et de la foi chrétienne. Toute superstition, toute magie et divination, si soigneusement recueillies par le stoïcisme et le néoplatonisme est étrangère au christianisme. Ce trait n’a pas été suffisamment observé et évalué ; il montre lui aussi la profonde spiritualité du christianisme et la haute place qui est réservée à la personne humaine. L’homme en même temps qu’il prend conscience de la valeur de sa spiritualité devient capable de s’élever jusqu’à Dieu, rien que par son esprit et son âme pure. La dialectique de Philopon ne mène pas l’esprit, à la manière de celle d’Aristote, de l’effet à la cause. Cette démarche est, dit-il, acceptable seulement à l’intérieur de certains dogmes, non pas pour les expliquer mais pour les accepter tels quels, comme ils sont donnés par la révélation. Dès que l’esprit humain adopte consciemment les dogmes donnés par la révélation, il entre en une certaine communion avec le suprasensible. Il n’y a pas de chemin qui mène de l’effet à la cause, du phénomène à l’être ; il n’est pas donné à l’homme de saisir les causes ; nous n’en savons que très peu ; nous croyons seulement que tout a été bien créé et ordonné par Dieu. Philopon admet que chaque créature, à peine le geste divin accompli, exista dans toute sa perfection. Une seule évolution est réservée à l’homme, créé à l’image et à la ressemblance de Dieu. Il est évident que l’homme, à peine créé, reçut « l’image ». En ce qui est de « la ressemblance », il ne la reçut que virtuellement, en puissance, étant donné que sa substance raisonnable est susceptible de l’atteindre en acte par la connaissance du vrai et la pureté de la vie. S’il n’y a donc pas une évolution physique des espèces, il y a une évolution morale et spirituelle dont la base est le libre arbitre. L’interprétation donnée à la nature humaine est platonisante. Il faut pourtant noter que le but suprême de l’homme s’obtient par la collaboration de la théorie et de la pratique, motivées toutes deux par la volonté. Nous avons ainsi en Philopon une conception saine de l’activité et de l’évolution humaine. L’évolution est commune aux deux sexes, car tous deux ne font qu’une substance et reçoivent la même définition : « Animal raisonnable mortel. » Platon, remarque Philopon, ayant pris à Moïse le « à l’image », l’étend à tous les êtres ; erreur grave. Philopon parle ici en néoplatonicien, et en néoplatonicien encore il pose que la source du mal n’est autre que le mauvais emploi voulu des facultés de notre nature ; il n’est donc pas une réalité positive, une substance. Il ne s’ensuit pas, bien entendu, que le libre arbitre soit un mal. Ces thèses seront reprises amplement par Léonce de Byzance, Maxime et Damascène.
La solution que Philopon donne à la relation du bien et du beau est aussi très caractéristique. Tout ce qui est beau, dit-il, est bon, mais tout ce qui est bon n’est pas beau. Le primat esthétique ne vaut plus pour la morale chrétienne.
On reconnaît généralement en Philopon un aristotélicien. On a été même jusqu’à dire que Philopon a contribué par sa renommée à ce que l’aristotélisme domine exclusivement la pensée en Orient. La critique qu’il fait de Proclos et les idées qu’il énonce dans le De opificio mundi montrent en lui un aussi bon ami et connaisseur de Platon. Il prouve maintes fois que Proclos a mal saisi ou a intentionnellement déformé les idées de Platon ou d’Aristote. Ce qui prouve encore que Philopon avait saisi le fond de la pensée de Platon et d’Aristote, c’est que contrairement à Simplicios et à d’autres néoplatoniciens il insistait beaucoup sur la différence qui existe entre ces deux philosophes. Si Philopon admet souvent des thèses aristotéliciennes, il en réfute d’autres aussi souvent. Aussi souvent critique-t-il Platon. Il ne voit dans les idées platoniciennes que les pensées créatrices de Dieu, les archétypes des objets sensibles, qui sont leurs idoles temporels. Comme nous voyons Philopon critique aussi bien Aristote que Platon, et, d’autre part, il se réfère à eux, quand il trouve qu’ils ont raison. Il veut être indépendant ; « voir les choses, dit-il à Proclos, et non pas les hypothèses de Platon ». Esprit de savant, désireux de systématisation, Philopon adopte, avec la logique aristotélicienne, la manière de procéder, la problématique, et très souvent aussi la physique aristotélicienne ; c’est là son aristotélisme. Mais à mesure qu’on dépasse le monde sensible un autre souffle anime sa pensée. Pour saisir les grands problèmes de Dieu, de l’âme, de la création du monde, il trouve plus d’éléments chez Platon et chez les néoplatoniciens que chez Aristote pour l’expression philosophique des vérités révélées. Il a dit plusieurs fois de Platon qu’il imita Moïse, il ne l’a pas dit d’Aristote. Nous croyons donc que l’aristotélisme de Philopon se rapporte plutôt à la forme, à l’ordonnance de la pensée, et à des vérités scientifiques et non pas à la métaphysique ; c’est ce qui d’ailleurs a été presque toujours l’aristotélisme pour la plupart des penseurs chrétiens. Cet événement si important pour l’histoire de la pensée chrétienne, c’est la première fois qu’il prend avec Philopon une forme ample et nette. Philopon peut donc être considéré, sous les réserves ci-dessus, comme le fondateur de l’aristotélisme chrétien.
Tout fervent chrétien qu’il fut, Philopon n’évita pas l’hérésie. Dans un traité perdu sur la résurrection il niait l’identité du corps ressuscité avec l’ancien corps. D’autre part, confondant les notions de nature et de personne (hypostase) et appliquant à la sainte Trinité la doctrine d’Aristote sur les substances, il aboutit à un trithéisme, puisqu’il enseignait que Père, Fils et Saint-Esprit ont une commune nature, mais chacune de ces trois hypostases forme une personne à part. En d’autres termes le rapport des trois personnes divines à la nature divine est analogue à celui des individus à l’espèce. Cette manière de penser l’amena aussi au monophysisme, en ce qui est de la personne de Jésus. Léonce de Byzance, son contemporain, ne manque pas de dénoncer les hérésies de Philopon ; Damascène, plus tard, le rangera parmi les Jacobites. L’aristotélisme de Philopon est, plus qu’ailleurs, frappant dans ses hérésies. Son erreur vient de ce qu’il applique telle quelle la pensée aristotélicienne au dogme de la sainte Trinité et de la Christologie. On verra dans la suite, la solution profonde que Léonce de Byzance donna aux mêmes problèmes, son armature dialectique nettement chrétienne, et l’on constatera alors mieux à quel point Philopon reste, au fond, un savant grec. Les vérités révélées appellent une autre dialectique. La raison grecque appliquée telle quelle à la nouvelle foi la trahit. Il faut qu’elle s’élargisse, qu’elle envisage le besoin de s’occuper de questions qui paraissent au premier abord paralogiques, pour pouvoir embrasser l’apport philosophique, la nouvelle vue de l’homme, du monde et de Dieu qu’offre le christianisme. C’est ce que les Pères de l’Église essayèrent. La question que nous abordons ici est des plus importantes ; elle présente le drame de la raison grecque dans son effort pour coordonner, formuler, bien saisir la religion chrétienne. Cet effort, comme nous voyons, n’a pas toujours été heureux. La raison grecque, une raison adaptée au fini, devait se transformer en une raison de l’infini, du discontinu, éléments fondamentaux de la conception chrétienne. C’est pourquoi sur plus d’un point la raison grecque donna une cristallisation aux problèmes qui inquiétaient la pensée chrétienne, telle qu’elle sacrifiait ou méconnaissait justement le nouvel élément.
Le domaine de l’activité scientifique de Philopon, en même temps qu’il est très étendu, ne manque pas d’originalité. A côté des commentaires à Aristote, il a écrit un commentaire à l’Arithmétique de Nicomaque de Gérasa et un traité original au sujet de l’astrolabe. Sa définition de la monade mérite d’être relevée ; l’unité, dit-il, est une et fait naître les nombres par sa propre révolution. Il analyse d’une manière très intéressante les principes fondamentaux de la physique. Il admet que la physique est capable de formuler, au sujet des mouvements célestes, des principes entièrement sûrs. Mais ces principes, pour être très généraux, ne peuvent pas fournir l’explication précise des phénomènes que nous observons. Pour y arriver l’astronome a recours à des combinaisons hypothétiques. Ces hypothèses, — il ne doit jamais l’oublier, — il lui est interdit de les regarder comme des images de la réalité. Philopon a formulé à son tour une hypothèse explicative du mouvement, celle de l’ « impetus », qui, plusieurs siècles plus tard, fut adoptée par Olivi et, après lui, servit de base à la dynamique de Buridan. Cette hypothèse fait de Philopon un précurseur de la mécanique moderne. Philopon est non moins original sur d’autres questions. Ainsi il émit l’idée que Dieu a d’abord créé la lumière et ensuite les luminaires, parce qu’il peut séparer les deux qualités de la lumière, l’élément lumière de l’élément caustique. On trouve d’ailleurs, remarque-t-il, dans la nature, des êtres qui ont le premier élément sans le second. Il admet aussi la génération spontanée (automatique) qui prouve, selon lui, que Dieu insère dès le premier moment dans les éléments les raisons séminales de tout ce qui viendrait au jour dans la suite. Cet homme infatigable a rédigé, en outre, une épitomé des œuvres de Dionyse de Thrace, d’Apollonios le Dyscolos et d’Hérodianos, qu’il enrichit de commentaires et qui servit, sous cette forme, de manuel aux écoles byzantines et aux humanistes de l’Occident jusqu’au XVme siècle. Cette activité débordante lui permit une assurance qui le conduisit à des erreurs. L’océan du Sud, dit-il, d’une manière catégorique, ne peut communiquer à la mer Rouge ; le périple de l’Afrique est impossible ; car il n’est pas possible de traverser la zone brûlante.
Malgré son monophysisme ses écrits ont toujours été en grande estime à Byzance. Comme commentateur d’Aristote, suivant la coutume d’alors, il reproduit en grande partie les notes des cours de son maître Ammonios. Son élève Stéphane d’Alexandrie fit la même chose à son tour. Outre Stéphane les commentateurs David et Elias furent aussi ses élèves. Pourtant la tradition des commentaires se ralentit de bonne heure à Byzance et ne reprit que plus tard. Elle persista, au contraire, en Syrie avec des résultats heureux. Tant par ses commentaires que par ses autres écrits Philopon peut être considéré comme un agent précieux de la formation de la philosophie syro-arabe. Tous ses écrits traduits en syriaque, contribuèrent certes à l’éclosion de la pensée arabe. Il fut également précieux à l’Occident. En 1268, Guillaume de Mœrbeke traduisit en latin son commentaire sur le chapitre de la connaissance du traité aristotélicien De anima. Deux ans après saint Thomas entreprit de refondre entièrement son propre commentaire sur le De anima d’Aristote pour répondre à ses adversaires, les averroïstes. Il utilisa à cette fin, entre autres, le commentaire de Philopon que l’on retrouve presque littéralement inséré dans l’ouvrage de saint Thomas. Philopon, pouvait, mieux que tout autre fournir à saint Thomas les armes dont il avait besoin, car il avait lui aussi combattu l’interprétation qu’Alexandre d’Aphrodise faisait d’Aristote, une interprétation voisine de celle d’Averroès.