O segundo período, 1520–30, de aceleração e divisão, foi guiado por Martinho Lutero, cujas aspirações de reforma católica preencheram seus anos mais jovens, mas cuja teologia da justificação pela fé somente era fundamentalmente incompatível com as fórmulas de salvação acumuladas pelo catolicismo.
Entre 1520 e 1521, o papado condenou e excomungou Lutero e a Dieta de Worms o proscreve; nos “clássicos da Reforma” de 1520, Lutero retrucou denunciando todo o sistema papal
Ao identificar o papado com a figura bíblica do Anticristo, Lutero colocou a reconciliação além de qualquer resgate
Nos intercâmbios literários com Erasmo em 1525 sobre a liberdade ou escravidão da vontade, Lutero estabeleceu uma concepção filosófica que queimou todas as pontes intelectuais entre seu movimento e o consenso católico
Conciliadores como Gasparo Contarini e Reginaldo Pole, do lado católico, e Filipe Melanchthon, do lado evangélico, continuaram a operar, mas o compromisso foi desacreditado
Erasmo, herói do primeiro período, foi crescentemente marginalizado
A Confissão de Augsburgo de 1530, adotada por estados e cidades alemãs, impôs o reconhecimento do luteranismo como fato político e religioso
Na Suíça, Ulrico Zuínglio de Zurique liderou uma versão diferente de renovação, fazendo uma ruptura mais limpa com o passado católico do que Lutero
O anabatismo emergiu como alternativa radical à própria Reforma de Zuínglio a partir de meados da década de 1520
O fracasso do Colóquio de Marburg em 1529 confirmou que as Reformas protestantes alemã e suíça deviam ser identificadas como espécies distintas