O Livro Secreto de João apresenta um relato mitológico da criação, queda e salvação do mundo e das pessoas dentro do mundo, apresentando Sophia no papel da sabedoria de Deus. Na sua forma atual, é um texto cristão que consiste em discursos e revelações de Jesus inseridos no quadro de um diálogo entre João e Jesus. O Livro Secreto de João situa-se, portanto, dentro da tradição joanina, da tradição do Evangelho de João e de outros textos atribuídos a João; a estudiosa Karen L. King chegou a sugerir que os gnósticos setianos a consideraram a Parte Dois do evangelho. Esta forma cristã do texto parece basear-se num texto judaico anterior que abordava o problema do mal e justificava a bondade de Deus ao interpretar os capítulos iniciais do Gênesis e outras partes da Bíblia Hebraica de uma forma inovadora e até chocante. No hipotético texto judaico, o revelador e salvador deve ter sido a premeditação celestial de Deus, como fica claro no hino do salvador que conclui a revelação na versão mais longa do Livro Secreto de João. No hino do salvador, e em outras partes do Livro Secreto de João, o revelador fala na primeira pessoa do singular (“Eu”). No texto judaico anterior, o revelador teria sido Barbelo, o premeditado de Deus, mas na atual versão cristã do Livro Secreto de João, o revelador é Jesus.
O Livro Secreto de João explica o contraste entre um Um (ou mônada) absolutamente excelente e todo transcendente e um mundo absurdo e caído por meio de um intrincado relato mitológico de um deus que emana, cria, cai e finalmente é salvo. Ele combina insights derivados de Gênesis com temas filosóficos e mitológicos gregos para produzir uma história dramática de salvação, um relato notável da evolução e da involução do espírito divino invisível.
A psicologia e a filosofia gregas (o platonismo, por exemplo) postularam um sistema no qual a mente está ligada ao divino e diz-se que o divino é a mente. Consequentemente, o Livro Secreto de João emprega uma série de termos gregos relacionados à palavra mente (noûs) para descrever a carreira do divino e a criação do cosmos. O relato descreve o espírito ou mente invisível que se estende através de um pensamento (ennoia), uma premeditação (pronoia), até atingir um estado de espírito iluminado (noûs) e uma plenitude espiritual (pleroma). Infelizmente, uma perda de sabedoria (Sophia) provoca negligência (aponoia); a restauração da sabedoria é finalmente realizada através da expressão da reflexão divina (epinoia).
O seguinte elenco de personagens principais emerge no relato mítico do Livro Secreto de João:
O pai de todos, chamado de Um, o espírito virgem invisível
A mãe divina, premeditação de todos, Barbelo, chamado mãe-pai, primeiro humano, espírito santo, triplo macho
A criança divina, o autoconcebido, o ungido
Os quatro luminares celestiais, Harmozel, Oroiael, Daveithai, Eleleth
Reflexão tardia, um aeon celestial, enviado como um revelador com conexões com a premeditação, Sophia e Eva
Geradamas (“Adão, o estranho”), o humano celestial
Sete, filho celestial de Geradamas, cujos descendentes são os gnósticos setianos
Sophia, sabedoria divina dentre os éons
Yaldabaoth, também chamado de Sakla, Samael, filho de Sophia, arrogante primeiro governante e criador deste mundo Autoridades, poderes, arcontes, governantes, anjos, demônios, lacaios de Yaldabaoth
Senhor e Elohim, filhos de Yaldabaoth e Eva, também chamados de Caim e Abel
O salvador, premeditação ou Jesus
João, filho de Zebedeu, um estudante de Jesus e o suposto autor ou editor do Livro Secreto de João
A descendência ou semente de Sete, a raça inabalável, os gnósticos setianos
Tudo isso acontece, declara o Livro Secreto de João, “para que, quando o espírito descer dos reinos santos, ele possa levantar a semente e curá-la do que lhe falta, para que todo o reino da plenitude possa ser santo e faltando nada.” Em última análise, então, Deus salva e é salvo, e com Deus todos aqueles, chamados descendentes de Sete, que participam da luz e da sabedoria. Assim, a sabedoria divina, personificada como Sofia, é finalmente vindicada, e a gloriosa plenitude do divino é realizada.
Todas as quatro versões existentes do Livro Secreto de João foram preservadas em copta, mas uma versão do Livro Secreto de João foi provavelmente composta em grego no século II ou antes.