O relato filosófico de Clemente sobre Deus é encontrado principalmente no Livro V do Stromateis. Esse livro começa com um relato da fé e da esperança como formas pelas quais a mente percebe objetos invisíveis aos sentidos, e prossegue falando de símbolos e enigmas e da maneira pela qual eles escondem a verdade dos não iniciados. É dada uma justificativa para o uso do estilo simbólico quando ele é aplicado a coisas sagradas. A “Sétima Epístola” de Platão é citada: ‘Devo, de fato, falar-lhe em enigmas, de modo que se minha carta cair em mãos erradas em qualquer canto da terra ou do mar, o leitor não a entenderá’. Clemente continua dizendo: ‘Pois o Deus do universo, que está acima de toda fala, todo pensamento e todos os conceitos, nunca pode ser escrito, sendo inefável por seu poder’. [Strom. v, 65; 11, 369, 24. Platão, Epist. 11, 312D].
Os homens têm ideias erradas de Deus porque são escravos de suas paixões. As paixões têm como objeto coisas materiais, e as coisas materiais estão muito distantes de Deus. Usando um símile que Fílon havia usado, Clemente diz: ‘Mas a maioria dos homens, estando envoltos em coisas mortais, assim como os caracóis estão envoltos em suas conchas, e sendo enrolados como ouriços em uma bola em torno de suas luxúrias, pensam no Deus abençoado e imortal nos mesmos termos em que pensam sobre si mesmos. Mas, embora seja tão óbvio, escapou-lhes o fato de que Deus nos deu milhares de coisas das quais ele mesmo não participa”. [Strom. v, 68; II, 371, 11].
Para evitar esse erro, os homens devem se libertar de todas as paixões e influências terrenas e libertar sua noção de Deus de qualquer coisa que não seja a simples unidade.
Nós nos apossamos do caminho da purificação por meio da confissão e, em seguida, do caminho da visão por meio da análise, avançando por meio da análise até a base do pensamento, começando pelas coisas que subjazem à visão. Retiramos do corpo físico suas qualidades naturais, eliminando a dimensão da profundidade, depois a da largura e, em seguida, a do comprimento. Pois o ponto que resta é a unidade, por assim dizer, com a posição, e se removermos a posição dele, a unidade será percebida. Se, então, depois de removermos tudo o que pertence aos corpos físicos e as coisas que são chamadas de sem corpo, nos lançarmos na vastidão de Cristo e, a partir daí, avançarmos através da santidade para o vazio, se fizermos essas coisas, alcançaremos de alguma forma a percepção do Todo-Poderoso, sabendo não o que ele é, mas o que ele não é. Mas a forma e o movimento, ou a imobilidade, ou o trono ou o lugar, ou a mão direita ou a mão esquerda, não devem, de forma alguma, ser considerados como pertencentes ao Pai de todas as coisas, mesmo que essas coisas estejam escritas. Mas o que cada uma dessas coisas significa será mostrado em seu devido lugar. A primeira causa, então, não está em qualquer lugar, mas acima do lugar, do tempo, do nome e do pensamento. [Strom. v, 71; 11, 374, 4].
Há três partes nesse processo — purificação do pecado, análise lógica e união com Cristo em santidade. Primeiro, devemos confessar nossos pecados e ser purificados deles. Em seguida, devemos abstrair de nossa noção de um objeto físico todas as qualidades, exceto a de simples unidade. Em seguida, nos lançamos na vastidão de Cristo e avançamos no vazio por meio da santidade. Isso nos leva a uma percepção de Deus, mas o mistério permanece. Não sabemos o que Ele é, mas apenas o que Ele não é. A primeira parte do processo é chamada de “estágio de purificação”, e a segunda é a análise que leva ao “estágio de visão” final. A análise e a visão são comparadas, respectivamente, com os mistérios menores e maiores. O resultado desse processo é que sabemos o que Deus não é, mas não sabemos o que ele é. Chegamos mais perto de Deus no conceito de unidade nua e crua, cujas consequências e descrições são puramente negativas. Não podemos saber nem dizer nada positivo sobre Deus. Deus não pode ser nomeado nem concebido. Ele é diferente do que nossas ideias sugerem. Portanto, devemos negar a ele todas as qualidades das coisas comuns até que tenhamos o conceito de unidade pura. Então, deixando essas coisas para Cristo e avançando pelo vazio desconhecido, alcançamos o conceito de Deus de uma forma incomum. É um conceito que não é um conceito, um conhecimento do que Deus não é e uma ignorância do que Ele é. Não devemos nos deixar enganar pela linguagem das Escrituras sobre a mão direita e a mão esquerda de Deus e outras coisas, porque elas não significam o que parecem significar. Deus está acima de todas essas coisas, fora do espaço e do tempo, além do reino dos nomes e conceitos.